V sobotu 25. března 2017 proběhlo v katedrále sv. Víta, Václava a Vojtěcha pohřební rozloučení s kardinálem Miloslavem Vlkem. Hlavním celebrantem zádušní bohoslužby byl kardinál Dominik Duka OP, kazatelem biskup František Radkovský a závěrečné pohřební obřady vedl olomoucký arcibiskup Jan Graubner. Předseda ČBK v úvodu připomněl snahu kardinála Vlka o obnovu církve po převratu v listopadu 1989 i to, že budoval úřad Arcibiskupství pražského, zasazoval se o mezináboženský dialog, pomáhal při budování církevního školství a položil základy pražské arcidiecézní charity. Emeritní plzeňský biskup Radkovský ve své homilii mluvil o životě zesnulého v době komunistických represí a o celoživotní rozhodnutí pro Boha a touze stát se knězem. Olomoucký arcibiskup Jan Graubner se ve své smuteční promluvě na začátku závěrečných pohřebních obřadů naopak zaměřil na právě prožívané chvíle smutku. Vyzval všechny přítomné, aby každý z nich v tichosti Miloslavu Vlkovi poděkoval za to, co je pro ně důležité, a vyzval je, aby nezapomínali na naději, která smrt překonává. Na slavnost dle organizátorů přišly čtyři tisícovky hostů. Posledního rozloučení se zúčastnila rodina, byli přítomni sídelní biskupové všech českých a moravských diecézí, pomocní biskupové, apoštolský nuncius v ČR Giuseppe Leanza, zástupci řádů, církevních hnutí z tuzemska i zahraničí a přibližně tři tisícovky věřících. Nechyběli ani zástupci církví sdružených v Ekumenické radě církví v čele s jejím předsedou Danielem Fajfrem. Za Církev československou husitskou se rozloučení zúčastnili bratr patriarcha Tomáš Butta, biskup pražský David Tonzar a sestra Hana Tonzarová.